Cuando en 1803 el gobernador del Chocó, Carlos de Ciaurriz, en cumplimiento de una cédula real de 1801, presentó un informe de su gobernación, los principales pueblos eran los de Nóvita, Quibdó y Tadó, ocupados por algunos "blancos de distinción"; que en razón de las actividades comerciales fueron de Cartagena los tratantes en ropas o de Cali, Buga, Cartago y Anserma los comerciantes de víveres. La otra población estaba conformada por mulatos, zambos y negros libres y vivía dispersa, mientras que la población indígena era la que estaba más reunida en sus respectivos pueblos por conveniencia de los corregidores, según este informe 38.

La situación económica era compleja, en razón de la decadencia de la minería desde finales del siglo XVII, la cual se agudizó con las luchas independentistas, por la incorporación de los esclavos negros a los ejércitos bajo la promesa de su liberación. El abandono de los entables mineros fue absoluto, ya que de hecho eran simples lavaderos.

Entre el año 1810, cuando se erigió en Quibdó la Junta Gubernativa, y hasta 1820, fecha de la célebre batalla de Murrí, transcurrieron diez años de participación en la guerra de independencia. El coronel José María Cancino organizó la primera administración republicana del Chocó, que desde 1819, en la Constitución de la Gran Colombia, quedó como parte integrante del departamento de Cundinamarca; pero dos años después, la provincia del Chocó, formada por dos cantones: Atrato y San Juan, pasó a formar parte del departamento del Cauca.

Comenzó con ello un largo proceso de 85 años, en los cuales el Chocó varió en las constituciones de la dependencia de Popayán su carácter político administrativo y sus fronteras territoriales, proceso que tuvo un hecho importante en 1906, con su declaratoria como intendencia. En el lapso de 1832 y 1857 fue provincia independiente. A partir de 1858 entró a formar parte del Estado Soberano del Cauca hasta 1886, como provincia con autonomía administrativa, pero con la convención de 1886, cuando los estados pasaron a ser departamentos, volvió a perder su autonomía como parte integrante del departamento del Cauca.

Es de destacar que entre junio de 1830 y finales de 1831, el Chocó, como parte del departamento del Cauca, se anexó a la recién creada República de Ecuador; sin embargo, por iniciativa del Cantón de Citará, esta fugaz aventura no prosperó 39. Los límites del viejo Chocó se fijaron por la ley 131 de 186340, y tenían similitud con los límites heredados de la colonia, manteniéndose inalterables a lo largo del siglo XIX, en cualquiera de las divisiones político-administrativas de las que formó parte hasta 1886 cuando fueron las municipalidades del San Juan y del Atrato y no el Chocó las unidades administrativas.

Dentro de esos límites se incluían los territorios que comprendían el distrito de Turbo, creado el 5 de septiembre de 1846, que desde 1821 era aldea del cantón del Atrato, y que en 1870 se ratificaba como distrito perteneciente al Chocó e incluía las secciones de León, Carepa, Chigorodó y Arboletes 41. Esto, a pesar de las pretensiones de Antioquia, que siempre lo reclamó como suyo y que ocasionalmente, entre 1848 y 1850, lo incluyó dentro del territorio antioqueño. Incluso Manuel Uribe Ángel, en su Geografía general del Estado de Antioquia en Colombia, publicada en París en 1885, argumentó el derecho histórico de Antioquia a la banda derecha del Atrato hasta la cordillera del Abibe y a una parte del litoral Atlántico 42.

La pertenencia al Chocó, o en su defecto, a la del Cauca, no fue impedimento para que el gobierno antioqueño, que pedía la reintegración del territorio, especialmente desde 1875, por el valor estratégico que fue adquiriendo, dispusiera adelantar proyectos de colonización dirigida, mediante la apertura de caminos, o bien por iniciativa particular, para los que se contrataron ingenieros como Carlos Segismundo de Greiff, Martín Nugent o Henry White, entre otros, quienes adelantaron exploraciones y estudios, con el fin de llevar a cabo estos proyectos en la segunda mitad del siglo XIX.

Pero si los límites externos tuvieron una definición mas o menos clara, no ocurrió lo mismo con sus fronteras internas, que comenzaron a tener variaciones notables por el desplazamiento de grupos poblacionales y por el ingreso de nuevos actores en su territorio. Factores de carácter económico y político fueron en esencia los responsables de estos hechos.

En la Heroica, el comercio cartagenero en constantes dificultades por los cíclicos cierres del Canal del Dique, pero beneficiado desde la reapertura de la navegación por el río Atrato en 1790, vio aumentar sus posibilidades económicas en las selvas chocoanas, a principios del siglo XIX, con la exportación del caucho y posteriormente de otras especies forestales, como la tagua o ipecacuana, a los mercados de Europa y Estados Unidos.

Hacia esta región viraron sus intereses muchos comerciantes, primero en el Bajo Atrato y después en el Atrato Medio, y específicamente en Quibdó, ayudados por la introducción de la navegación a vapor. Con ello convirtieron el Atrato en una gran zona de explotación de materias primas de exportación, lo que atrajo gran número de inmigrantes costeños mestizos hacia el Bajo Atrato y el Darién, lo mismo que de negros del sur del Chocó, a lo largo del río en el Medio Atrato y partes de Urabá, en particular en la banda oriental.

La población negra emigró muy especialmente después de 1851 de la región de Nóvita, en razón de la ley de liberación de esclavos de 1851, desplazandose desde el San Juan hacia el Baudó y el río Atrato. En este río ocuparon los diques aluviales desplazando a los indígenas emberas, que debieron proseguir su migración hacia las partes altas de los afluentes del Atrato. Esta nueva dinámica poblacional definió nuevas fronteras e incorporó a su vez nuevos territorios a la estructura espacial y al sistema económico del Chocó republicano y, por ende, del país.

Estos dos hechos, la explotación de recursos forestales y la migración negra, hacen que los intereses se vuelquen hacia el Atrato y a través de éste a Cartagena y el Caribe, quedando atras la dependencia de Popayán, al menos en lo económico y comercial. Por el Bajo Atrato salían para Cartagena caucho, cacao, copaiba, mora, oro, tagua y maderas, especialmente cedro 43. Esto convierte a Quibdó en el centro mas importante, reafirmado con la capitalía definitiva del Chocó en 1851, mientras que Nóvita comienza su acelerado declive y aislamiento.

Los dos últimos decenios estan marcados por el interés de empresas y empresarios por la explotación minera en el río Atrato y en sus diferentes afluentes primordialmente. Desde 1887 William Curtis había recibido un privilegio de explotación por parte del gobierno del Cauca, pero en el siguiente decenio, aparte de la compañía Atrato Mining and Developing Company, estaban la Compañía Minera Franco-belga y la compañía francesa llamada Minas del Cauca 44.

Las evaluaciones del potencial minero para estas u otras empresas implicaron la realización de exploraciones y estudios, con sus respectivos planos. Vale la pena mencionar, por ejemplo, el Report on the Rivers San Juan, Sipí and Tamaná, realizado por Robert Blake White 45, un inglés que además hizo trazos viales como el del Camino de Antioquia, pero ante todo es el iniciador de una dinastía que va a tener notable incidencia en el Chocó y produciría importantes informes, como los de Henry o Juan Enrique White, que también en estos años realizaron varios estudios de orden geológico.