Para 1688 se da la primera rebelión de los esclavos negros de las minas de Negua, a causa de los tributos, el hambre y los castigos tan severos. Esta rebelión se llevó a cabo en las minas del gobernador Juan Buesso de Valdés, del licenciado Miguel Benitez de la Serna y de Fabián Ramirez.

La segunda sublevación se da en Tadó en 1729 en las minas de Monte Carmelo y luego se extendió a otras minas aledañas.

La tercera sublevación del denominado Cantón del San Juan, se da durante la nueva República en el año de 1825, que cobijo a casi todo el San Juan, ya que se llevó a cabo en Novita, las parroquias de San Agustín, Noanama, Baudó, Tadó; con las viceparroquias de Juntas, Cajón, Caxón, Sociego, Aguaclara, Santa Bárbara de Iró, San Pablo, Viroviro, Raspadura, Santa Ana, Monte Carmelo, Opogodó, Yalí, San Lorenzo, El Tigre, Palestina, Sipí Cleorombirá y Cuellar.

Como consecuencia de estos levantamientos, se presenta en Colombia y en el Chocó en particular, la construcción de palenques y el cimarronismo.

Los Palenques fuéron los primeros territoríos libres en America, construidos por los negros esclavos que huían de sus amos al monte, donde construían sus habitaciones dentro de fortalezas para defenderse en caso de ser atacados por los ejercitos blancos.

Él Cimarronismo, fué el acto de rebelión, fué la actitud de los esclavos frente a la opresión inhumana de la esclavitud en sus inicios; fué el rescate de los valores del pueblo africano y fué la afirmación de estos hombres en su libertad.

Cimarron era el negro que huía a formar los palenques a la selva, nombre dado por los españoles para diferenciarlo del que seguía siendo esclavo. Los principales palenques formados en el Chocó fuéron los de Murrí, Tadó, Raspadura y en el rio Baudó.

Ha sido grande el aporte del Chocó a la historia de Colombia. En la independencia de España, eel control del Atrato y el San Juan fué pieza clave: El sitio, la residencia y la victoria con el fuerte de Murrí, la proclama de independencia de Nóvita, el fusilamiento de Francisco García Falcón, iguel Buch, Tomás Pérez, la prisión de Domingo Martínez y Aníbal Rueda, hablan por sí solos. De las entrañas del Chocó han salido tres presidentes de Colombia: Carlos Holguín, Jorge Holguín y Manuel María Mallarino.

A partir de la constitución de 1821, el Chocó formó parte del departamento del Cauca. En 1831, después de la separación de Venezuela y Ecuador, fué una de las 15 provincias que creó la Ley 21 de ese año. En 1858, quedó incluido en el Estado Soberano del Cauca. En 1908, fué uno de los 34 departamentos de Colombia y en 1909 se convirtió en intendencia, mediante la Ley 65. Gracias a la labor parlamentearia del gran conductor liberal Diego Luís Córdoba , Senador de la República, fué eregido el Chocó, Departamento de Colombia, mediante la Ley 13 del 3 de Noviembre de 1947.