Es una zona de bajas presiones atmosféricas, conocida como Concavidad Ecuatorial , donde convergen vientos alisios de cada hemisferio para formar el Cinturón de Convergencia Tropical, lo que la hace una zona de alta pluviosidad y con vientos variables.

Comprende la llanura pantanosa selvática del Valle del río Atrato. Su territorio forma una barrera geográfica que separa el Oceáno Pacífico del Atlántico, conocida como El Tapón del Darién .

Limita por el Norte con la República de Panamá y el Mar Caribe; por el Oriente con los departamentos de Antioquia, Risaralda y Valle del Cauca; por el Sur con el departamento del Valle del Cauca, y por el Occidente con el Océano Pacífico.

Su territorio posee un gran valle ubicado de Sur a Norte, por donde corren los ríos Atrato y San Juan. El río Atrato baña el valle de su mismo nombre, y se concidera uno de los más caudalosos del mundo. Este valle se encuentra cubierto, en su mayoría, por bosque húmedo tropical, presentando en la parte norte una zona bastante anegadiza, denominada El Tapón del Darién. El río San Juan baña al valle de su mismo nombre, convirtiéndolo en una de las regiones más ricas del mundo en recursos maderables y minerales, entre los cuales se destacan el oro y el platino.

Encontramos otros ríos de preponderante importancia para la región, tales como el Andágueda, Baudó, Bebará, Bojayá, Capá, Docampadó, Domingodó, Munguidó, Opogodó, Quito, Salaquí, Sucio y Tanela.

Sus principales accidentes orográficos, los constituye la Serranía del Baudó, con su máxima altura el Alto del Buey (1.810 m), la cual se origina en inmediaciones del Río San Juan y sigue paralelamente a la costa pacífica hasta unirse con la del Darién, en el norte, delimitando al Chocó y a Colombia de Panamá.

La mayor parte del territorio se halla dentro de las zonas de las calmas ecuatoriales, por lo tanto el régimen de lluvias se prolonga durante todo el año, registrándose hasta 12.000 mm3 de precipitación. La temperatura se encuentra entre 28 y 30 grados C, con un alto grado de humedad ambiental.

Estos territorios poseen la más variada y rica gama de recursos de flora y fauna, como consecuencia de su ubicacion y clima, constituyéndose así en la reserva y patrimonio no sólo de Colombia sino del mundo entero, por su intensa y endémica biodiversidad, unida a una cultura de la hidroselva.